Exploration of a plant architecture database with the AMAPmod software illustrated on an apple tree hybrid family

This paper describes the constitution and the statistical exploration of a plant architecture database using the AMAPmod system. In AMAPmod, plant architectures are represented by a formal model, called MTG, which is the central data structure of the system. A dedicated querying language AML enables the user to access plant architecture data with efficient built-in primitives. By combining these primitives, the user can extract various types of data that preserve a more or less important part of the structural information of the plant. Specific statistical tools have been designed to analyse data samples extracted from the plant architectures. Most of these tools, ranging from (hidden) Markovian models to dynamic programming comparison techniques, apply to samples of sequences. AMAPmod methodology is illustrated on an actual-scale example concerning a hybrid family of apple trees. (© Inra/Elsevier, Paris.) AMAPmod software / plant architecture / database / statistical analysis of sequences / apple tree Résumé Exploration d’une base de données architecturales à l’aide du logiciel AMAPmod : application à une famille d’hybrides de pommiers. Ce papier décrit la constitution et l’analyse statistique d’une base de données contenant des descriptions d’architectures de plantes à l’aide du système AMAPmod. Dans AMAPmod, l’architecture des plantes est représentée par un modèle formel, nommé MTG, qui constitue la structure de données centrale du système. Un langage d’interrogation dédié, AML, permet à l’utilisateur d’accéder aux architectures des plantes à l’aide de primitives spécialisées et efficaces. En combinant ces primitives, des types de données variés permettant de préserver une part plus ou moins grande de l’information structurelle contenue dans la plante peuvent être extraits de la base de données. Des outils spécialisés ont été créés pour analyser les échantillons de données ainsi constitués. La plupart de ces outils, tant paramétriques (modèles markovien variés) que non paramétriques (algorithmes de comparaison de données fondés sur des techniques de programmation dynamique) s’appliquent à des séquences de données. La méthodologie AMAPmod Communicated by Gérard Guyot (Avignon, France) * Correspondence and reprints [email protected] est illustrée sur une base de données architecturale de taille réelle correspondant à une famille d’hybrides de pommiers. (© Inra/Elsevier, Paris.) logiciel AMAPmod / architecture des plantes / base de données / analyse statistique de séquences / pommier hybride